Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 25 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Laboratorium Kesehatan Masyarakat, Balai Labkesmas Magelang menjadi salah satu Unit Pelaksana Teknis Bidang Laboratorium Kesehatan Masyarakat dengan tugas dan fungsi melakukan pengelolaan laboratorium kesehatan masyarakat.
Keberadaan Balai Labkesmas Magelang sejalan dengan proses transformasi bidang kesehatan yang berupaya memberikan penguatan pada transformasi layanan kesehatan primer dan transformasi sistem ketahanan kesehatan melalui deteksi dini diagnostik penyakit, surveilans faktor risiko kesehatan yang adekuat dengan berbasis laboratorium yang dapat merespons kejadian kedaruratan kesehatan dengan cepat, tepat dan terintegrasi.
