Gangguan Akibat Kekurangan Iodium (GAKI) merupakan masalah gizi yang dijumpai hampir diseluruh negara di dunia baik negara maju maupun negara berkembang, termasuk di Indonesia. Kasus GAKI sering ditemukan di negara dengan wilayah yang terdiri dari dataran tinggi atau pegunungan, dikarenakan rendahnya kandungan iodium dalam tanah dan bahan makanan.
DI Indonesia, hasil survei nasional tahun 1998, prevalensi GAKI yang diukur dengan indikator Total Goiter Rate (TGR) anak sekolah adalah 9,8% dan meningkat menjadi 11,1% pada tahun 2003. Survei nasional evaluasi GAKI pada tahun 2003 menunjukkan bahwa 35,8% kabupaten adalah endemik ringan, 13,1% kabupaten endemik sedang, dan 8,2% kabupaten endemik berat.
Masalah GAKI ini penting untuk ditanggulangi karena tak hanya berdampak secara kosmetik dan estetika saja yang ditunjukkan dengan munculnya benjolan pada leher seseorang (gondok), tapi juga sangat berpengaruh pada kualitas SDM. GAKI bisa menyebabkan kretin, penurunan IQ, cacat bawaan baik fisik maupun mental (bisu, tuli), serta penurunan produktivitas karena gangguan metabolisme dalam tubuh.
Progam penanggulangan GAKI sudah dilakukan cukup lama, tetapi masih selalu ditemukan daerah endemik baru dan masih muncul kasus kretin baru. Hal ini menunjukkan bahwa masalah GAKI adalah masalah laten yang memerlukan perhatian khusus.
Pada 1994 atas prakarsa prof.DR.dr.Darwin Karyadi dan Prof.DR.Muhilal dari Puslitbang Gizi Bogor dilakukan penelitian tentang pencegahan lahirnya kretin baru didaerah gondok endemik bekerjasama dengan FK-UGM Yogyakarta selama tiga tahun. Kabupaten Magelang terpilih sebagai daerah pelaksanaan penelitian karena merupakan salah satu daerah gondok endemik berat di Indonesia. Untuk mempermudah operasional penelitian, didirikan pos penelitian di Desa Jumoyo, Kecamatan Salam, Kabupaten Magelang. Pos penelitian kemudian dipindahkan ke lokasi bekas Puskesmas Borobudur atas bantuan Pemerintah Daerah Magelang. Pada tahun 1999, pos penelitian GAKI diusulkan untuk diubah menjadi Balai Penelitian GAKI oleh Puslitbang Gizi melalui Kepala Badan Litbangkes. Pada saat itu yang menjadi penanggung jawab pos tersebut adalah peneliti Untung S Widodo, MPS.
Seiring dengan dinamika organisasi dan permasalahn kesehatan, pada 2017 Balai Litbang GAKI resmi berubah menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Magelang berdasarkan PMK No 65 tahun 2017. Perubahan tersebut memiliki konsekuensi perubahan struktur serta tugas dan fungsi organisasi. Selanjutnya pada tahun 2020 dengan PMK N0 51 tahun 2020 terjadi perubahan struktur menjadi lebih ramping tetapi dengan tugas dan fungsi organisasi yang sama.
.
